根據法務部的《執行死刑規則》，台灣目前是以藥劑注射或槍斃的方式來執行死刑，不過實務上都是以槍決的方式進行。執行時可以先由法醫給予適量麻醉劑，待麻醉效果效發揮後，法警接著會朝心臟射擊。

與日本執行死刑時會交由三到五名法警執行不同，在台灣，通常是交由一名法警來執行，但這種方式可能使行刑人承受非常巨大的心理壓力。

至於死刑犯器官捐贈的爭議，已在幾年前告一段落。從1991年的執行死刑規則可見，當時規定死刑犯如有意願捐贈器官，應在執行前簽署捐贈器官同意書，原則上也要經其親屬同意；為使器官能夠捐贈使用，此時槍決的位置就會改為射擊頭部，經腦死認定後送至醫院進行器官捐贈手術。

但在2011、2012年執行死刑時，部分死刑犯同意捐贈器官，引起許多醫界及民間的疑慮與撻伐，有醫院即因為醫學倫理問題不願為死刑犯做器官捐贈，此後即使部分死刑犯會認為這是一種贖罪的方式，法務部也不再受理死刑犯器官捐贈。

在國際上，聯合國和世界醫學聯盟（World Medical Association）的立場都是反對死刑犯器官捐贈的。而我國在法規範層面，則是到了2015年修正器官移植作業準則，才禁止使用死刑犯捐贈的器官；執行死刑規則中關於捐贈器官的條文，則是到了2020年修法時才連帶刪除。